《民事诉讼法》第三十四条第三款规定：“因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。”但是申请指定遗产管理人不属于因继承遗产纠纷提起的诉讼，因此不应适用该条规定。
《民法典》和《民事诉讼法》均未规定指定遗产管理人案件的管辖法院。司法实践中，多数申请人在提起“申请指定遗产管理人案件”时均在被继承人的户籍所在地法院申请。考虑到申请指定遗产管理人主要系由无继承人或继承人放弃继承引发，该种情况下应由被继承人生前住所地的民政部门或者村民委员会担任遗产管理人，故应由被继承人户籍地所在地或死亡时的住所地或生前经常居住地人民法院管辖。
除此之外，指定遗产管理人案件的管辖法院还可以包括：工作所在地法院和主要遗产所在地法院等一切与被继承人或被继承遗产有密切联系的法院。
